Журнал, являясь правопреемником сборника научных трудов «Лиственница», издававшегося с 1962 по 1988 гг. освещает широкий спектр достижений науки в области лесного дела, на его страницах публикуются оригинальные статьи по проблемам биологии, лесного хозяйства, механической обработки и химической переработки древесины хвойных пород, а также юбилейные и обзорные статьи по истории и состоянию лесной науки. Первый выпуск журнала «Хвойные бореальной зоны» был издан в августе 2003 года по инициативе Проректора по научной деятельности Сибирского  государственного технологического университета доктора биологических наук, профессора Павлова Игоря Николаевича, ставшим первым Главным редактором теоретического и научно-практического журнала «Хвойные бореальной зоны». В этом же году журнал был включен в перечень  рецензируемых научных изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук.  Затем с 2013 по 2019 год Главным редактором был доктор химических наук профессор Субоч Георгий Анатольевич, а с марта 2019 по февраль 2020 Главным редактором стал доктор сельскохозяйственных наук, профессор Шевелев Сергей Леонидович. В феврале 2020 г Главным редактором назначена доктор сельскохозяйственных наук, профессор Наталья Петровна Братилова которая возглавляет журнал и по настоящее время. В декабре 2023 года при распределении журналов Перечня рецензируемых научных изданий Журналу «Хвойные бореальной зоны» была присвоена категория «К2».